关于这个问题，网上的版本很多，但是全面的很少，有的答案很陈旧，特整理后出来，以备自己查询：
- MyISAM普遍认为有更快查询速度，但是最新的Mysql中InnoDB的大幅改进，两者速度基本没有差别。
- MyISAM支持
FULLTEXT全文索引，而InnonDB从5.6开始也支持全文索引，因此，这一项不同也不在存在。 - InnoDB支持外键/事务/行锁；
- InnoDB中一定会有主健，索引也会包含主健(覆盖索引)；
- MyISAM中保存了行数，在
SELECT COUNT(*) FROM tbl_name中速度会更快。 - MyISAM中索引与数据分开存储（非聚集索引），InnoDB中数据和索引是一起存储的。MyISAM中索引数据保存的数据地址(指针)，而InnoDB索引是数据本身(聚集索引)，其次，InnoDB的辅助索引中保存的是相应的主健的值，因此辅助索引检测需要两遍索引：首先检测辅助索引获得主健，随后用主健到主索引中检索获得相应记录。
- InnoDB支持热备份，安全恢复。